1. Αίγειρος: Έδρα του δήμου. Κάτοικοι: 1111. Ιδρύθηκε μετά το 1923 από πρόσφυγες που προέρχονται από το Καβακλί (σημ. Topolovgrand) της Νότιας Βουλγαρίας (Αν. Ρωμυλίας) και από την περιοχή της Κεσσάνης της Αν. Θράκης. Παλαιότεροι ονομασία Τιρ Τσιφλίκ. Πρόκειται για οικισμό με αμιγή χριστιανικό πληθυσμό.
    Πλατεία Αιγείρου
    (Φώτο: Πλατεία Αιγείρου)


  2. Μεσσούνη: Κάτοικοι: 430. Πρόκειται για οικισμό προϋφιστάμενο του 1923. Οι μουσουλμάνοι κάτοικοί του το εγκατέλειψαν και στη θέση τους εγκαταστάθηκαν χριστιανοί πρόσφυγες από την Αν. Ρωμυλία. Ο οικισμός αναφέρεται από το 1871 με την ονομασία Κίρ Σάρτζα. Πρόκειται για οικισμό με αμιγή χριστιανικό πληθυσμό.
    Πλατεία Αιγείρου
    (Φώτο: Μεσσούνη Αεροφωτογραφία)


  3. Μελέτη: Κάτοικοι 626, Μουσουλμάνοι στο σύνολο τους. Οικισμός προϋφιστάμενος του 1923. Παλιότερα αναφέρεται ως Μελεκλί (Αγγελοχώρι).

  4. Καλλίστη ή Παλιά Καλλίστη: Κάτοικοι 176, μουσουλμάνοι στο σύνολο τους. Από τους παλαιότερους οικισμούς του δήμου Αιγείρου. Το τζαμί του οικισμού χτίστηκε με σουλτανικό φιρμάνι του Αβδούς Χαμήτ Β΄ το 1880 για να τιμηθούν τα γενέθλια του γιου του. Παλαιότερο όνομα του οικισμού Καλάτζα.

  5. Νέα Καλλίστη: Κάτοικοι 461. Αμιγής χριστιανικός οικισμός. Οι πρώτες κατοικίες χρονολογούνται από το 1926. Οι κάτοικοί του είναι πρόσφυγες από την Αν. Θράκη.

  6. Πόρπη: Κάτοικοι 448. Οικισμός που κατοικείται από χριστιανούς και μουσουλμάνους σε δύο χωριστές συνοικίες. Οι χριστιανοί εγκαταστάθηκαν στον οικισμό μετά την ανταλλαγή των πληθυσμών το 1923 και έχτισαν τα σπίτια τους νότια του προϋφιστάμενου μουσουλμανικού οικισμού που παλαιότερα ονομαζόταν Ορπά Κιολού.

  7. Γλυφάδα: Κάτοικοι:170, χριστιανοί και μουσουλμάνοι. Οι χριστιανοί είναι Σαρακατσαναίοι που έχτισαν τα σπίτια τους δίπλα από τον προϋφιστάμενο μουσουλμανικό οικισμό που η παλαιά ονομασία του ήταν Νούχτσα. Είναι από τους ελάχιστους οικισμούς στη Θράκη όπου συμβιώνουν Σαρακατσαναίοι και μουσουλμάνοι.

  8. Μέση: Κάτοικοι 317, χριστιανοί και μουσουλμάνοι. Η μουσουλμανική συνοικία  (μαχαλάς) ιδρύθηκε το 1905 από έναν Τούρκο Αγά που είρθε από τη Βουλγαρία μαζί με τους εξαρτημένους εργάτες γης (κολίγοι). Το 1923 εγκαταστάθηκαν εκεί και οι χριστιανοί κάτοικοι που ήταν πρόσφυγες από την περιοχή Κεσσάνης (Καρλίκια) της Αν. Θράκης. Το παλαιότερο όνομα του οικισμού ήταν Μεσές (= βελανιδιά).

  9. Παραλία Μέσης: Κάτοικοι 31. Πρόκειται για το νεότερο οικισμό του Δήμου. Ιδρύθηκε το 1976 ως οικισμός β΄ κατοικίας (παραθεριστικός οικισμός). Τους καλοκαιρινούς μήνες οι κάτοικοί του ξεπερνούν τους 600. Βρίσκεται σε μια θαυμάσια τοποθεσία ανάμεσα σε δύο λίμνες (Μαυρολίμνη, Αλυκή) και τη θάλασσα. Από ψηλά δίνει την αίσθηση πλωτού οικισμού.

  10. Αρωγή: Κάτοικοι 223, χριστιανοί και μουσουλμάνοι. Οι μουσουλμάνοι είναι μόνιμοι κάτοικοι, ενώ οι χριστιανοί έχουν μόνο παραθεριστικές κατοικίες. Η παλαιότερη ονομασία του οικισμού ήταν Σαρή Γιαρ.

  11. Φανάρι: Κάτοικοι 422. Αμιγής χριστιανικός οικισμός. Πρόκειται για το παραθεριστικό κέντρο ολόκληρης της Θράκης με έντονη τουριστική κίνηση κυρίως το καλοκαίρι. Δίνει την εντύπωση πλωτού οικισμού αφού περικλείεται από τη θάλασσα και τη λίμνη Ξηρολίμνη. Οι κάτοικοί του είναι πρόσφυγες από την Αν. Θράκη και εγκαταστάθηκαν στη συγκεκριμένη περιοχή μετά το 1923. Έντονη κίνηση παρουσιάζει και το λιμάνι του οικισμού.

    Φανάρι
    (Φώτο: Φανάρι αεροφωτογραφία)